Accanto al convento dei Frati Minoriti si erge la chiesa di San Francesco, con antistante un campiello, un tempo adibito a cimitero. La costruzione della chiesa e del convento risale al 1301. Le tracce dello stile originario, nonostante le numerose rielaborazioni, sono visibili nel presbiterio.
Gli interni attuali risalgono al secolo XVII, mentre l'esterno e' del secolo XIX. La parete sinistra della navata della chiesa e' ornata dall'edicola con arcate lombardesche; un altare espressione del Rinascimento costruito a tribuna, con pilastrini arabescati di foglie, animali e grappoli. Sull'altare troneggiava l'opera piu' preziosa della chiesa, e precisamente il dipinto di Vittore Carpaccio, firmato e datato 1518, che rappresentava "La Madonna con bambino, due Angeli musicanti e Santi", trasportato in Italia nel 1940.
La chiesa contiene anche un bellissimo pulpito in legno intagliato del secolo XVI situato sulla parete destra. Anche nella sagrestia vi sono dei dipiniti della scuola veneziana, quali il bell'ovale del "Cristo e la Samaritana" di Gregorio Lazzarini,"L'ultima cena", i dipinti dei papi Alessandro V. e Gregorio II, di Santa Maddalena, di San Giovanni Nepomuceno e di San Pietro e Paolo.
Il chiostro dei Frati Minori
Accanto alla chiesa di San Francesco si trova il convento dei Frati Minori con un cortile interno dalle squisite fattezze, il cosiddetto chiostro, che rappresenta uno degli esempi piu' splendidi di architettura conventuale nel litorale.
Ad esso si accede da un portale ad arco a tutto sesto con due colonne riccamente lavorate ai lati. Si tratta dell'opera da scalpellino del secolo XVII. di maggiore qualita' a Pirano. Grazie all'acustica ed all'ambiente gradevole il Chiostro ospita gia' da decenni le Serate musicali piranesi.
La Pinakoteka
Al piano terreno del convento e' aperta al pubblico dal 1997 una pinacoteca, che comprende una raccolta di quattordici meravigliose opere pittoriche della scuola veneziana, che ornavano un tempo il convento e la chiesa.
La pinacoteca puo' essere visitata d'estate ogni giorno dalle 9 alle 12 e dalle 17 alle 20. Nel periodo di bassa stagione la visita e' possibile previo accordo.