Samostan sv. Frančiška je bil najverjetneje ustanovljen še pred letom 1301, ko so minoriti že začeli z gradnjo cerkve. Samostan hrani veliko glasbene literature, stara samostanska knjižnica pa se lahko pohvali s knjigami iz 15. st. V samostanu še danes živijo bratje minoriti, ki upravljajo samostansko cerkev, nudijo duhovno oskrbo in vodijo duhovne vaje. Križni hodnik predstavlja eno najbolj akustičnih prizorišč v Sloveniji, kjer že vrsto let potekajo številne vrhunske glasbene prireditve, kot so Piranski glasbeni večeri in Tartinijev festival. Iz križnega hodnika je vhod v samostansko pinakoteko, kjer so na ogled platna beneških slikarjev.