La chiesa viene citata per la prima volta gia' nel secolo XIII., ma ha acquisito le sembianze attuali dopo i restauri del 1773 e del 1890.

La chiesa fu dapprima consacrata a San Clemente, uno dei primi papi romani, ma a seguito delle numerose pestilenze che imperversarono in Istria, fu dedicata nel secolo XVII. alla Madonna della Salute che, come San Rocco, era la protettrice dalla peste.